Ну а методология и прочее, что предшествует инструменту? Это есть?
Если я правильно поняла вопрос, в отделе разработки используется Scrum, но в их рядах есть достаточно продвинутые пользователи Jira, чтобы настроить под свои задачи доски и проекты, поэтому в данный момент перед Atlassian специалистом не стоит задач связанных с Agile.
Что нужно закрыть в первую очередь - это ревью текущей конфигурации, внедрение SD для бэк-офиса, обучение helpdesk-специалистов рутинным функциям. Другими словами - наведение порядка