Речь о другом. Раз используется map - скорей всего, это какая-то универсальная штука для различных окружений, возможно в разных регионах-аккаунтах. Если это так, то сложную логику настройки-конфигурирования подобных окружений правильней выносить в другие, более подходящие для такого инструменты.
CloudFormation (очень) хорош для того, чтобы "держать инфраструктуру". Наличие хитрых-объёмных конструкций крайне усложняют его отладку, сопровождение и обновление.
Например, разбив сложное на несколько стэков - условные для VPC, для IAM и других ресурсов и стэк(-и) приложения - можно обновлять и работать с этим удобно. Хотя это, опять же, предполагает какой-то CI.