Я хочу выписать один на весь домен и использовать для двух сервисов.Так я понял что для того чтобы сделать dns record в route 53 нужен собственный сертификат, а не тот что выдаёт сам cloudfront
Какую то специальную dns запись сделать?
Имхо, route53 это один сервис, который ничего не знает про https и классно умеет держать и отдавать зону. С таким раскладом, можно выпустить спокойно серт у Cloudfront, при том создать необходимые записи в Route53 (или даже с кнопочки в Cloudfront создать все необходимые записи - разумеется если ваш домен живёт в Route53), тем самым подтвердив свой домен. И следующим шагом спрятать eks за Cloudfront
Не исключаю, что вас несколько сложнее архитектура, чем я себе представил сейчас и есть какие-либо нюансы
Let's encrypt не доставляет дискомфорта, опять же, можно автоматизировать выпуск серта