Скорей всего по 3-ндфл, потому как, исходя из пояснений к закону, учитываются в сумме все счета во всех банках, ставка по которым выше 1%. Непонятно, как ФНС будет это контролить, но имеем то, что имеем.
Про "раскидать по всем банкам 999999" вы не совсем правы. Важна не сумма вклада, а сумма годовых процентов. Поэтому если у вас даже будет лежать 800тыс., а вклад будет по ставке 7%, то общая сумма процентов за год будет 56тыс., что уже превышает максимальную необлагаемую сумму (1кк*ключ.ставку, 55к), и с суммы превышения будет взиматься налог.
Квиточек придет в конце года из ИФНС, как по транспортному налогу для самостоятельной уплаты. Декларацию подавать не нужно