Андроид с НФС позволяет уже достаточно давно это делать. Айфон нет, из-за проприетарщины.
Но через Айфон всё равно можно пополнить баланс Тройки и не использовать при этом именно кассу, правда всё равно придётся воспользоваться терминалом для проверки Тройки на станции метро.