это чужой код, который делает yum upgrade (в CodeDeploy), это изменить невозможно, в том числе по политическим причинам. И вопрос был не чем заменить, а что с конкретной ошибкой сделать.
Убрать yum upgrade у них было задачей ещё в августе. А у меня деплой ноды до 2 часов от моего сна занимает, а их 6.