Файлы логов лучше совсем не удалять, многие срущие в логи програмки считают, что файл уже должен быть (порой с забавным овнершипом и правами), и сами создать его не могут.
Вместо удаления файлики можно обнулять: cat /dev/null >/var/log/messages (не перепутайте с /dev/zero :) )