ну тогда считывай построчно, все строки в процессе пербора складывай в заранее созданный массив. Когда попадется нужная строка, то прежде чем положить ее в массив, сперва измени ее как тебе нужно. Когда дойдешь до последней строки, закрываешь файл, открываешь его на запись и пишешь построчно в файл все строки из массива.