Проблема у вас будет, если вы по такому, полученному в России кем-то другим паспорту, будете въезжать в Россию, не имея штампа о выезде
На основании чего будет проблема? Можно иметь два паспорта, выданных где угодно, например, и выехать по одному, а заехать по другому, это не противоречит никаким законам РФ, насколько мне известно