подключаешь стейджинговый диск (какой-нибудь SSD который вмещает пару-тройку плотов) и на него складываешь плоты. а потом рсинком разгребаешь на те hdd на которые тебе нужно. очевидно же. ну да, из под линукса, само собой, но думаю что и под виндой можно накорячить какой-то скрипт под это