Очень все расплывчато написано, но кмк такое решается правильным написанием запросов, что бы дубликаты не мешали.
Много дублей в разных частях таблиц, поетому делаем пустую таблицу и забрасываем новые , старые данные. Старую убиваем, новую таблицу переименуем так получаем новые данные. Вопрос заедут ли эти данные в реплику, или лучше руками копию делать?