1) выставляем = либо указываем в общем серверном конфиге
<merge_tree>
<replicated_deduplication_window_seconds>600</replicated_deduplication_window_seconds>
</merge_tree>
либо непосредственно при создании таблицы передаем SETTINGS replicated_deduplication_window_seconds=60
2) тем, что дедупликация может быть полезна, например чтобы быстрый ретрай при обрыве соединения с одной из реплик действительно не сделал двойную вставку
3) простите, какая разница обложено это тестами или нет, вот есть наблюдаемое явление - блоки дедуплицируются даже через десятки периодов чистки. Есть версии, как это может происходить и какие настройки еще можно проверить?