Можно все cljs-зависимости выделить в отдельный alias в deps.edn, отдельно компилировать cljs (и clj), а потом запускать uberdeps, но тогда тупая IDEA не видит зависимости и подсвечивает в cljs-коде всё как «unresolved».
Ну я shadow/release делаю и у меня app.js за счёт этого становится не 12 мб как в dev-time, а меньше 1 мб. Но это не влияет на то, что uberdeps все равно зависимости тащит в uberjar.
Т.е. я должен в deps.edn объявить зависимость от reagent, а потом где-то ещё (в условном makefile) не забыть отметить, что reagent не нужно тащить в uberjar.