Технически — никак, Гит поддерживает только файлы.
Часто, чтобы всё-таки добавить каталог, народ просто кладёт в него пустой файл и сохраняет в индекс. Это тебе и подсказали выше про .gitkeep. Это лишь конвенция, а не механизм Гита.
а я вот думал, где проверять наличие установленного CoffeeScript это же можно в скрипте configure правда я никогда его не генерил и не знаю какие конфиги для него нужны пока что сделал просто так https://github.com/Svoloch/etc-js/blob/master/Makefile