Открыть файл, быстро распарсить информацию о типах в начале файла и замапить в память. Будет как flatbuffers.
В protobuf, к примеру, не нужно хранить информацию о типах, она хранится в схеме (т.е. в парсере, а не самих данных), поэтому protobuf компактнее, чем форматы, хранящие информацию о типах (sqlite, message pack). Зато во втором случае можно работать с данными, не зная схемы или зная её лишь частично. Json - вообще текстовый формат, его могут читать и редактировать люди в обычном редакторе, зато он намного менее компактный, чем дaже message pack.
Форматов много потому что требования в разных задачах разные. Как вы всё это сможете совместить в одном формате?