Ладно, подловил. Я думал о массе покоя.
Про релятивистское изменение массы, то вспомни ещё о том, что скорость зависит от системы отсчёта. И формула для релятивистского изменения массы даёт эффективную массу для данной системы отсчёта.
То есть, если ты будешь рассчитывать массу атома исходя из данной формулы, то получишь не совсем верный результат.