Другие диски она не должна трогать вообще. Но винда же затирает загрузчик. То есть потом нельзя будет выбрать какую систему загружать, а будет грузится сразу винда. Но это не точно.
Кстати, да, бекап граба лучше сделать с ефи-раздела, на всякий случай