npm - классика, слегка медленно, но меньше всего проблем с совместимостью, иногда генерит разные лок-файлы на разных платформах и версиях, чем вызывает попаболь если в кодебазе больше одного девелопера
yarn обычный - быстрый, тоже нет проблем с совместимостью, но уже почти не поддерживается и совсем не развивается
yarn berry - революция зумеров, хранит все в архивах, динамически резолвит, вроде бы уже совместим с большинством прочей инфраструктуры, но все равно можно нарваться
pnpm - очень хорошо изолирует суб-зависимости, довольно шустрый, тоже есть иногда проблемы совместимости, потому что не класическое хранение модулей, как и у berry