Ну вот именно что вы не совсем поняли. В чате сообщения (только свои естественно) может удалить либо сам пользователь, либо админ чата или бот, которому дали права админа. Соответственно в настройках бота указывается id пользователя, чьи сообщения надо подбирать, либо он будет подтирать все сообщения