есть проги которые при копировании делают сразу отчёт по контрольным суммам на каждый файл, и каждый файл сразу читают для проверки суммы?
был у меня случай один, жёсткий диск упрямо записывал файл всегда битым, определённая область в конце сбоила, и сколько бы раз я туда не записывал другой файл или тот же, контрольная сумма не совпадала, а остальные 90% файлов совпадали.