если мне нужно использовать mysql/mariadb в докере, то будет правильно поднять новый контейнер, в котором он будет крутиться, а не инсталлить его внутрь контейнера с бубунтой, на которой крутится основной код?
Да. Концепция докера - 1 контейнер на сервис