Итак. Что мы узнали за последние ~20 часов:
1.) Не надо добавлять в кластер vSphere/vSAN хосты с ESXi версий старше, чем vCenter.
2.) vSAN, в очередной раз, показал чудеса стойкости ко всякому роду противоестественным действиям с ним. Попытки впихнуть не впихуемое даже при помощи грубой силы заканчиваются просто не удачей, а не проблемам с доступностью данных.
3.) При полном переразвертывании ESXi вся конфигурация дисковых групп и данные на них сохраняются. После повторного включения докатываются только изменения.
4.) Сама процедура переустановки ESXi полностью и достаточно описана тут -
https://kb.vmware.com/s/article/20590915.) Если в процессе добавления хоста в кластер что-то идет не так, то делайте на всех хостах esxcfg-vmk -l + Esxcli vsan network list + esxcli vsan cluster unicastagent list + vmkping + esxcli vsan cluster get + vsan health check. Это позволяет собрать базовое состояние всего кластера, которое в большинстве случаев покажет на ошибку.
6.) Читайте, что написано в алертах и первых 3-х строчках гугла по ним. С вероятностью 95% там будет ответ на ваш вопрос.
7.) Наличие технической поддержки экономит свои нервы и время своё, а так же значительного числа ваших коллег.
8.) MistaD может не только нахер (и в документацию + логи) слать, а еще и всю ночь помогать починять всякие штуки.