Может быть, потому что дело не в цене, а в удобстве? :-)
С LE можно забыть об администрировании сертификатов.
Конечно, у других контор есть API, но у каждой он свой, и его надо прикручивать.
А поддержка LE есть, можно сказать, везде. И не надо париться с новым API.