добавьте эти строки в конец файла /etc/security/limits.conf
* - nofile 65000
* - nproc 65000
затем ребутните аппач
только для пониманию помогает ли, нужно понять сколько по нетстату подключений когда аппатч перестает отвечать, и сколько будет после этого патча лимитов, если он таки замрет снова
+ база работает когда аппатч перестает отвечать, запросы к ней можно делать в это время?