При этом бранчи могут жить как отдельные проекты. ЧТо не очень удобно, но, в принципе, валидно. Придётся только чистить их руками. Ещё одно ограничение - нельзя настроить параллельную обработку заданий на сервере. Если проекты тяжёлые (много кода), то анализ на сервере может занимать десятки минут. И всё это в один поток для всего сервера. Т.е. если настроить Quality Gates в CD пайплайне, все пайплайны будут ждать пока большие проекты проанализируются.