Глобально, там хранилка, из довольно медленных дисков, но проблема - только в Maria.
Я, наивно думаю, что если проблема бы была в оборудовании, то она бы появилась в других базах типа Эластика и монго рядом.
По идее сокет докера - не должен на это как-то влиять
Сеть бы липла, если бы там было как-то разнесено по хостам.
Я, даже грешил на образ, но если собирать самому - тоже самое.
У меня кончились идеи(