1) Докер такая штука, ее в основном используют для локальной разработки и быстрого разворачивания тест стендов. На проде нужно с умом подходить.
2) От незнания. Так собирают новички несведущие. Либо может вылезает какая то специфическая проблема, но я с таким не сталкивался.
3) Также как и вагрант. Копируешь папку запускаешь. Создаются дополнительные инстансы, при условии что ip бинда будут отличаться или порты

Как то плоховато ты искал везде

И что дальше
/\
||
?

И что дальше
/\
||
?

hostname еще попробуй вместе с name
для v2 вроде так правильно https://docs.docker.com/compose/compose-file/compose-file-v2/#cpu-and-other-resources
для storage-api-local нужно в приложении в конекшн-стринг указать адрес монги такой же как и hostname
тоесть поправить конфиг приложения

version: '2'
services:
   storage-local:
       name: mongo
       image: "mongo:4.0.2"
       ports:
         - "27017:27017"
   storage-api-local:
       environment:
         - ENV_FILE=.envs/local.env
       image: ee391979cbec
       depends_on:
         - storage-local
       network_mode: bridge

Ох, выглядит что-то не очень. Не хочется, чтобы прилажки знали про конфиг композа.

Connection string вообще является частью environment которое по хорошему должно свободно меняться в зависимости от условий

вариант номер два
web:
 links:
  - "mongo:storage-local"
https://docs.docker.com/compose/compose-file/compose-file-v2/#links
можно слинковать контейнеры напрямую, при желании

Зачем