Делаю учебный проект, суть такая что юзер закидывает свои контейнеры через сайт, они сами разворачиваются и становятся доступны по поддоменам
тогда я бы задавай hostname у контейнеров прямо в docker-compose, nginx-proxy поставил прямо на хостовой машине и добавлял бы так же новые конфиги без привязки к сетям докера а обращаясь по хосту контейнера