К тому же, как я понимаю докер изолируюет контейнеры друг от друга и если упадет nginx в одном из контейнеров, то часть сайтов останется в работе, что также очень важно
Да все верно - но нужно чтобы кто то следил за падением сайта - перезапускать докер при сигнале падения апликухи