можно в одном docker-compose.yml , где например будут 1 nginx , 1 mysql, N php, N nodejs. Все приложения будут обслуживаться одним nginx и одной базой, как пример
А, я понял, в случае, если надо чтоб контейнеры зацепились за один экземпляр nginx, mysql, ... то делаем все в одном файле