Такое при примерно 250 000 записей (уникальный один столбик) В пустую таблицу все гуд получается. Сервак не самый слабый.. 8 гиг оперативки. Как-то можно такого избежать, но чтоб проверка на уникальность оставалась? А то переносить таблицы при достижении 200к какой-то адский костылище.
Попробуй проверять уникальность не всей ячейки, а её хэша. Новый столбец с индексацией. Или даже отдельная таблица "Индекс той записи - её хэш". Чем хэшировать чтобы быстро было - не подскажу, гуглить надо.