Я через конфиги убрал, но там не просто поля, а CommerceEntityTrait, т.е. в вариации галочки появляются, которые поля добавляют. Вот видимо их надо было отключить перед удалением.
нет, догадался))) Там короче в форме редактирования родительской сущности в нужном параграфе надо кликнуть в дополнительных действиях promote to library