В одном из своих проектов было два
Один для собственно электрона
другой для реакт приложения
Признаюсь оч не удобно
лучше держать все вместе
врод как рекомендованный подход раньше был. сейчас потребовалось обновить, смотрю уже не рекомендованный. С electron-builder вполне можно смержить в 1?