Через терминал разве систему можно обновить?
apt upgrade помоему обновляет, но в любом случае аппцентр скорее благо нежели наоборот. если не забуду, в виртуалке посмотрю, по идее должен удалять.
хотя в глобальном плане это такая мелочь, я б даже багом не назвал