Эт норм что после свежей установке елементари не видит свои же серверы при апдейте?
Подозреваю, что это каким-то образом связано с блокировками РКН, так как наблюдаю аналогичную проблему с флетпак пакетами и обновлениями некоторых пакетов. После включения VPN, прилетает свежее ПО.