Пару раз делали такое, чтобы добавить нормальный блог для ИМ на ломаный OpenCart.
Не знаю с чем это связанно, но индексация была с задержкой первые 2 месяца. Как будто новый домен кидаешь на первую индексацию. Но со временем выравнивается.
Чтобы ускорить индексацию закидывал новые юрл на переобход, пускал платный трафик.
Просто сделай новый сайтмап, закинь в вебмастер. Робот будет один, только пропиши в нём директивы и для вп и не забудь туда же добавить карту сайта вп.
Ну это если трафик нужен на этот раздел сайта, конечно. Если нет, то закрывай. Только закрывай через тег Robots.
ну конечно трафик нужен и тут идея именнно делать в подпапке, потому что на домене живёт быстроробот яндекса и хотелось бы, чтобы он работал и со вторым вп также как и с первым, можно было бы сделать на поддомене, но в таком случае - это был бы совсем новый сайт в глазах поисковиков, вобщем попробую)