Еще был случай из практики. Как-то сильно накешировал на сайте, WPFC + Autoptimize, перестали при первой загрузке сайта открываться родные попапы с первого клика. Юзеры не получил реакции от кнопок просто уходили. Не грешу только на попапы, может в чем-то другом была проблема, с тем-же jQuery, но пришлось перейти на попапы от Jet и проблема ушла