Мой воркфлоу таков: тмукс, в нем каждая сессия отделена от других семантически. Типа как организация на гитхабе. Внутри тмуксовой сессии тмуксовые окна, в каждом из них по инстансу емакса. Можно думать о тмуксовом окне как о репозитории или проекте. Внутри инстанса емакса нужные наборы терминалов.
Разберём на примере.
Hanami (рубишный веб-фреймворк) :: сессия
Hanami -> Hanami View (библиотека) :: окно в сессии.
Удобно-с. Но надо конечно сессии персистить.