По большей части это из-за желания отделить настройки для папки с zettelkasten'ом от настроек орга, которые работают также и для папки с Zettelkasten'ом
Нуу его не положишь в ту папку. А если вдруг появится ещё одна папка, для которой нужны отдельные настройки, то .dir-locals-3.el уже как-то не комильфо создавать