Оказывается, он вручную идет по elpa и всему такому, еще и struct'ы для пакетов создает тут же, читая че-то там в директориях.
В Gentoo есть system-wide директория с автолоадами. Если при установке/удалении пакета что-то в ней изменилось, то все файлы оттуда конкатенируются, и результат пишется в файл, который грузится из site-start.el. Никакого обхода директорий при старте нет.