в принципе нотмач должен нормально с этим справляться, но у меня не получилось сделать чтобы гнус работал нормально с несколькими ящиками и с одним профилем, я давно не проверял мб уже исправили
можно запусить в терминале notmuch search --output=files 'query', вместо query любой запрос. отправь в мейлинг лист gnus, мб выход какой-то не тот и гнус не может разобрать