Ох, у меня была в точности эта проблема много лет назад, когда этот релиз Дебиана был стейбл, и я тоже установил Guix, чтобы заполучить свежий Emacs. К сожалению, сейчас не могу найти свой workaround, но если словами описать, то вроде как, я тупо в init.el указывал, какой системный шрифт использовать (каких-то пару строчек, совсем несложно). Становилось чотенько. Так что, если не снёс нафиг, то ещё можешь попробовать.