Проблема не в ОС и сервисах типа Apache и nginx (они уже давно всё умеют и поддерживают), а в Web-приложениях, где чаще всего даже не думают о том, что может быть IPv6, поэтому даже если оно будет активировано, то вырубят нахер, ибо "какие-то ошибки на сайте при заходе через IPv6, некогда разбираться, давайте тупо вырубим".