Не заметил проекта для общего прототипа, его просто нет? И немного непонятно, что вы делаете с компонентами из дизайн-системы. Они оторваны от происходящего или вы просто не обновляете их в старых версиях макетов?
Общего файла со всеми страницами пока нет и не планирую делать. Если нужен будет Прототип из нескольких страниц, то буду собирать отдельно из нужных мне версий файлов.
А базовые компоненты и должны жить отдельно. В библиотеке достаточно подключить библиотеку файла /компоненты/
Два дизайнера могут конечно что то делать одновременно, но я бы делал для этого специальный файл отдельно и закрытый, чтобы разрабы его не видели. А когда работа закончена, то этот файл можно переносить в версию