Можно распараллелить. Даже если и не параллелить, то ничего страшного, думаю, не случится, если оно будет неделю первично выгружаться. Главное вынести это на отдельную машину. Мы разбирали и более огромное хранилище причем во времена, когда не было инкрементальной выгрузки и даже иерархической. Т.е. там был еще один шаг, который из плоской выгрузки делал иерарзическую