Такой документ необходимо превратить в иерврхический справочник
Если я правильно понял задачу, то тут поможет УстановитьСсылкуНового. Встречается родитель, которого раньше не было, ему генерится гуид, записывается в элемент и в соответствие. Когда очередь доходит до родителя, используется этот гуид. Единственное, все нужно записывать в одной транзакции, чтобы битых ссылок не было