А в службах он есть? Если его перезапустить и после этого повторить процедуру? Ну и на крайний случай можно вручную прописать веб сервис в файле где база опубликована. И опять таки перезапустить апач
в новой версии 1С модуль управляемого приложения просто стал называться модуль приложения или что-то не то стало? просто в инструкциях везде написано что надо в модуль управляемого приложения заходить, но там может версии старые указаны?