войдите от имени Админа в 1С и опубликуйте снова, apache перезагрузите, с другого браузера посмотрите, ещё В Сервис - Параметры - Запуск 1С - Веб клиент(выберите браузер или по умолчанию) и попробуйте запустить отладку(веб-клиент). Может поможет ))
можно windows на второй диск установить или wm-ware, и на него апач - может будет видеть. Разбирался с IIS сложный сервер, apache установил что бы он работал оключал IIS.
# 1c publication Alias "/roznica" "C:/www/roznica/" <Directory "C:/www/roznica/"> AllowOverride All Options None Order allow,deny Allow from all SetHandler 1c-application ManagedApplicationDescriptor "C:/www/roznica/default.vrd" </Directory>