Вопрос есть, если я открою IT компанию в Болгарии, я могу предоставлять услуги или подписывать договора в Германии без пошлин?
За подписывание договора вообще нигде пошлины не берутся. Ну разве что у нотариуса, если нотариальную заверку делаете, тут география значения не имеет.
Предоставление услуг - о каких пошлинах речь?
Таможенных пошлин на услуги нет. И на перемещение товаров внутри ЕС таможенных пошлин тоже нет. Шенген это только про визовый режим и ничего более.
НДС, налог на доходы и прочие платите в Болгарии и спите спокойно.
Конечно же, вести бизнес с компаниями в ЕС будет проще из страны ЕС. Особенно когда Болгария на евро перейдет. Пока что болгарские банки за операции в евро дерут втридорога (однако есть 1-2 банка, которые придерживают свои аппетиты).