АК
12. Сроки действия про-визы означают период времени, в течение которого Вы можете совершить въезд на территорию Республики Кипр
А вот например на сайте посольства Украины ещё яснее написано:
3. На какой срок выдаётся про-виза?
Про-виза выдаётся на 3 месяца.
4. С какой даты действует про-виза?
Про-виза действует с даты её выдачи (Date of Issue) в течение 3 месяцев до даты окончания срока её действия (Expiry Date). Вам необходимо прибыть на Кипр до даты истечения срока действия про-визы: по прибытию вы получаете штамп в паспорт с разрешением пребывания на Кипре в течение 90 дней.
Хоть и посольство Украины тут не при делах, но в целом вывод из всей этой информации получается, что 90 дней надо считать с момента фактического влёта.